一、物理消毒
1、用温水浸种：将西瓜种子放入54-55℃的温水中浸20分钟，然后捞起洗净，再行浸种催芽。
2、高温烫种：将已精选、晒过的种子用毛巾包好，每包种子大约在100克左右。先放置一盆冷水，一盆沸水，然后将包好的种子放到开水中浸一下不超过半秒钟，立即取出放入冷水中浸一下，如此反复三次，就可达到消毒的目的。
二、药剂消毒
1、多菌灵浸种：用50%可湿性多菌灵粉剂2克兑水1000毫升的比例配成药液，然后将种子放入其中浸泡1小时，取出冲洗干净，浸种催芽，可以预防炭疽病。
2、抗菌剂401浸种：用10%抗菌剂401配成500倍药液，将种子浸泡其中30分钟，捞出待用，可杀死种子上带有的枯萎病菌、炭疽病菌等。