蘑菇锈斑病又叫褐斑病，细菌性斑点病。一般只侵染蘑菇菌盖的表皮层，使其起初出现黄褐色似铁锈状大小不一的斑点，后来逐渐变成褐色或黑色，有时菌盖上还会出现带黏液的疤痕。此病蔓延迅速，感染轻微时菇形正常，严重时菇盖出现的凹斑多达数百个或病斑扩大呈条纹状，子实体畸形。菌柄有时受感染也发生纵向凹斑。
防治的方法：
1、覆土时把土层的pH值调到6.5-8，培养时加强通风。
2、发病严重时，控制菇房温、湿度。并用0.04%土霉素和0.04%链霉素向菇床隔日各喷一次。其后的菇床喷水应将pH值调到8，直至土层的pH值保持在6.5-7.5。
3、在覆土层表面薄薄地撒上一层生石灰粉，也能有效地控制病情发展。