苹果套袋具有促进果实红色发育、果面光洁、色泽艳丽、减轻病虫危害、降低农药残留、提高商品价值、增加经济效益等特点，是当前生产优质高档和无公害苹果的主要措施之一。但我国套袋栽培比较晚，技术水平较低，生产中会出现许多问题，导致许多病虫害的发生，所以病虫防治显得尤为重要。
1.苦痘病：苦痘病是由果实缺钙引起的生理病害。在缺钙严重的园片，应补充钙肥或于花后3～4星期内连续喷布两次400倍氨基酸钙，可明显降低苦痘病的发生。
2.锈果病：锈果病为病毒性病害。据调查，改接于国光砧木上的红富士，套袋果发病率在5%以上，严重株果实发病率在96%。所以，改接于国光砧木上的红富士应避免套袋。
5.黑点水锈：据调查，黑点水锈的发生与纸袋质量、果园通透性和气候条件有关，纸袋通风放水孔不规范或果园郁闭，或雨水过多的年份易发生。因此，应选择规范优质果袋。同时，对果园进行合理修剪，通风透光。
4.日烧病：套袋苹果日烧病发生与气候、品种、树势、立地条件等有关，应加强肥水管理，增加套袋果实的抗病性。干旱年份，应注意适当推迟套袋时间，避开初夏高温；套袋前后浇足水，漏水果园应每7～10天浇1遍水，以降低地温，改善果实供水状况；有条件果园中午12～14时进行喷雾降温，树冠上部和枝干背上暴露面大的果实不套袋。同时避免套劣质袋和塑膜袋。
5.康氏粉蚧：①冬、春季刮树皮，集中烧毁，或在晚秋雌成虫产卵之前结合防治其他潜伏在枝干越冬的害虫，进行束草等物诱杀，翌春孵化前将草束等物取下烧毁。②早春喷洒轻柴油乳剂，或3～5波美度的石疏合剂，在各代若虫孵化期特别是套袋前，喷布50%速灭松乳油800～1000倍液有良好效果。③康氏粉蚧天敌种类较多，如草蛉、多种瓢虫等，这些天敌有抑制康氏粉蚧危害的作用，故在防治上应考虑少用或不用广谱性杀虫药剂，尽可能选用对天敌杀伤作用较小的选择性药剂。
6.玉米象：对树盘覆麦草的果园应用土点压，浇水或降雨时麦草上撒少量化肥，以利于草的腐烂，减少虫源；在玉米象这类害虫爬入纸袋前注意观察，加强农药防治，并喷布48%乐斯本1000～1500倍液以及其他杀虫剂杀灭成虫。