多菌灵又名棉萎灵，是一种广谱性内吸杀菌剂，常用的剂型有１０％、２５％、５０％可湿性粉剂。多菌灵能有效防治多种作物的病害，也常用于食用菌培养料的消毒杀菌。在食用菌生产过程中使用多菌灵时应做到以下几点：
严格控制药液浓度：用多菌灵拌料时，用药量应控制在0.05－0.1％之间。这样的浓度足以杀死杂菌和抑制杂菌生长，若盲目加大用药量，不仅会增加成本，而且会影响菌丝生长。多余的药液还会污染子实体。
拌料均匀：将多菌灵拌入培养料的正确做法是：先将药剂溶于一定量的水中，配成一定浓度的药液，再将药液逐步拌入培养料中，边洒药液边翻料，搅拌均匀，使药液分散在料内，以免药液聚集，产生药害和发生点片污染。
提高培养料的ＰＨ值：多菌灵对毛霉、根霉的抑制作用较差，在对易发生毛霉、根霉的食用菌使用多菌灵时，应适当提高培养料的ＰＨ值，最好再在每１００公斤料中加３７％的甲醛水溶液０．５－１０毫升，以抑制毛霉、根霉的生长。由于多菌灵耐高温，使用时最好将培养料进行发酵，经高温灭菌处理，以杀灭霉菌。银耳、木耳、猴头菇对多菌灵特别敏感，要避免对这些食用菌使用多菌灵，否则会造成生产失败。
不能与石灰同时使用：多菌灵在碱性环境中易分解失效。因此，在用多菌灵拌料时不能同时使用石灰，更不能把多菌灵和石灰混合液久置。另外，多菌灵易使杂菌产生抗药性，所以应避免长期使用，可交替使用其他杀菌剂。