水稻烂秧在早春低温的年份发生比较普遍。防治方法如下：
精选种子选择。纯度高干净的种子，浸种前做好晒种工作，提高种子的发芽率和生命力。造好与整好秧田：秧田应选择避风向阳，地势较高，排灌方便，肥力中等的田块，整地力求精细床面平，沟深，排灌畅通。
采用薄膜育秧。最好采用拱架式打孔膜育秧，能有效地解决低温造成烂秧的难题。
提高浸种催芽技术。浸种催芽时，温度要掌握适当。要求做到36-38℃，露白头，适温30-35℃稳催芽，降温20-25℃薄摊炼好芽，使种芽达到齐、匀、壮。
提高播种质量。根据品种特性，确定播期，播种量及秧龄，要求扣种稀秧，培育带蘖壮秧，播种以谷陷半粒为宜。
加强秧田肥水管理。播种至现芽前以通气供氧为主，秧田墒面保持湿润，以利长根，扎根，2叶3叶期以保温防冻为主，可浅水勤灌，防止死苗。3叶期以后可寸水护苗。播种后7-10天，要做好五防，即防低温、防雨水、防高温烧苗、防秧板晒白、防秧板积水，做到晴天中午通风炼苗满沟水，阴天覆膜半沟水。雨后排干积水。合理施肥，基肥以腐熟的人类尿及磷肥结合为宜。追肥要分次施，齐苗后施“破口扎根肥”，5叶期施“断奶肥”促进发根发叶。
药剂防治。秧苗立枯病：在做好秧板时，每亩用70%敌克松稀释1000倍液，喷洒，保证3叶期不发生立枯病。