棉花枯萎病被称为棉花“癌症”。防治棉花枯萎病，除选用抗病品种外，改善水系设施、改进施肥技术，可以缓解症状，增强植株抗病能力。
增施有机肥笔者曾在几处棉花枯萎病发病株率达20%的棉田施用生物有机复合肥，当年的发病株率降至5%以下，比相邻未施用生物有机复合肥的棉田发病株率降低15个百分点。这主要是因为生物有机肥的分泌物能抑制病菌繁衍和侵染。一般每亩施腐熟有机肥3000-4000公斤，或生物有机复合肥75公斤，或高能有机复合肥100公斤。各地可结合当地的实际情况灵活选用。
增施钾肥目前抗虫棉品种在市场上的份额占80%以上，而抗虫棉品种对钾肥的需求量比常规棉高1倍以上。大田种植抗虫棉品种缺钾现象比较普遍，增施钾肥既能增强植株对枯萎病的抵抗能力，又能预防因缺钾引发的生理性病害（凋枯病）及持续高温、暴雨之后常易爆发的红叶茎枯病。一般抗虫棉田每亩钾肥用量不宜少于30公斤。
重施普施花铃肥棉花花铃期是需肥的高峰期，每亩需施高含量多元复合肥20公斤。单株有3个左右的铃时，每亩还需再施尿素15公斤。同时，根外喷施磷酸二氢钾、速乐硼等，以防棉花早衰。
改善水系设施在易发生枯萎病的棉田中，地下水位高的地段比地下水位低的地段发病率高。这说明根系发育不良的棉株对枯萎病的抵抗能力弱。水系设施好的棉田，棉株发根好，能增强对枯萎病的抗性，应做到大沟、畦沟、腰沟相通，雨止田干。