辣椒的病害主要有病毒病、疫病、细菌性斑点病、白粉病、炭疽病等。病害的发生严重影响产量甚至灭产，因此，辣椒生产中病害防治非常关键。
（1）、苗期预防辣椒病毒病、疫病。苗期由于苗床较集中，好管理，预防较省工、省力、省药，从5叶期开始用46%病毒清可溶性粉剂800倍液泼浇椒苗，能有效地预防病毒病。在移栽前2—5天喷淋1次70%黑胫清500倍液，然后带药移栽，能很好的预防疫病、立枯病等，并能保证健苗移栽，减少该病传入大田造成大面积危害。
(2)、大田病害预防。根据大田期辣椒死苗的发生特点，应在移栽后3—5天泼浇1次70%黑胫清可湿性粉剂500倍液，每株50毫升，能有效预防死苗，重病连作田，间隔10—15天再施用1次。旺盛生长期叶面喷雾1次46%病毒清800倍液，预防病毒病。缺素症：初果期初见细菌性斑点病或白粉病斑时．应及时用55%锦田可湿性粉剂500倍液进行喷雾，能有效地防治细菌性斑点病、白粉病和炭疽病。高温干旱年份始终保持土壤湿润，抑制病毒病的发生与发展。在盛花期喷800～1000倍矮壮素3～4次，有较好的保花增产效果。