为了获得芝麻优质高产，科学合理施肥是关键。生产实践证明：给芝麻施肥重点在于时机和方法的把握，要求苗肥要早、蕾肥要巧、花肥要重，下面谈谈具体方法，供参考。
早施苗肥芝麻因为种子较小，加上往往底施氮肥施用过多，容易使幼苗旺长，形成高脚苗。因此，芝麻要结合早间苗、早定苗，看苗早施一次以速效性肥料为主的苗肥，施好苗肥是芝麻早发健长的重要措施。苗期肥以稀释腐熟的人粪尿或尿素为好，一般在定苗后每亩追施尿素2～3公斤，旱情较重时要先抗旱再追施或用稀薄人粪尿稀释后浇灌。对苗势较差的，还要采取开特餐的方法，追施提苗肥。芝麻追施苗肥，还要根据芝麻根系较浅的特点，尽量浅施或重点施于根部。