1水分管理
由于穴盘内育苗的基质容量小，空隙度大，其水分储藏量较小，苗床对幼苗供水的缓冲性小，若稍有疏忽，幼苗易发生失水现象。因此，高温季节应视苗情在清晨、傍晚进行浇水。
2间苗定苗
为使幼苗生长健壮，出苗后及时揭除地膜。同时，及时查看田间苗情，将田间缺苗断垄处进行移苗补栽，并拔出穴内多余的苗，以使田间植株整齐度较好，间定苗后进行浇水，以促进植株返青。
3温度管理
黄瓜、辣椒、茄子等白天温度控制在25～28℃，夜间温度保持在15～16℃。番茄、西葫芦等白天温度控制在23～25℃，夜间温度保持在16～18℃。大白菜、青花菜、甘蓝等白天温度控制在20～22℃，夜间温度保持在14～16℃。
4病虫害防治
由于穴盘育苗时间短，病虫害较少。在生产中主要处理好以下几方面问题：一是育苗前准备：种子消毒、穴盘消毒、基质消毒、苗床消毒[5-6]。二是做好防护：高架育苗、铺设地布等。主要防治蝼蛄、蚯蚓、蟋蟀等。安装防虫网、诱虫灯、诱蚜板等。防治蚜虫、菜蛾、蓟马、潜叶蝇、螨虫、白粉虱等。三是综合防治。结合药剂防治，重点做好猝倒病、软腐病、根腐病、霉病、疫病、病毒病等细菌病害的防治。种苗出圃前，加强光照、通风，控制水肥，进行炼苗。