种菇后的废料一般都当作肥料施用，但在施用时应注意以下几点：
1、种菇后的废料含有较多的病菌，一般不要施在棉花、西瓜田内，以免病害加重，但可以施在小麦、玉米、大豆等粮田中。
2、种菇时，为了调节菌料的酸碱度，一般多施用石灰水。但菇在生长过程中，对石灰水中钙离子吸收较少，因此在盐碱地中尽量少施，以避免碱性增加。
3、由于种菇后的废料中含有较多的钙离子，而这些钙离子易和磷肥中的有效成分结合，形成不易被作物吸收的磷酸钙，造成磷的固定，使肥效降低。因此，种菇后的废料不能和磷肥混用。
4、种菇时为了杀灭栽培中的杂菌而常使用一些杀菌剂。由于这些杀菌剂在棉籽皮中有一定的残留，使用时不要和菌肥混用，以免降低肥中微生物的特性。