防治苹果树腐烂病是一项长期系统的工程，因此，在具体工作中，应该遵循预防为主、综合防治的方针，从增施有机肥、合理灌溉、控的负载量、科学用药等多方面入手。
一是增强树势，提高树体抗病能力。要增施有机肥，以增强树势。家畜家禽有机肥、堆肥、生物有机肥应交替或混合使用。盛果期苹果园每亩施入量不应少于4000公斤；同时要注意钾、钙、镁、硼、铁肥的施入，逐步培肥果园土壤，提高树体营养供应水平和抗病能力。合理负载，调节结果量，避免形成大小年，保持树势稳定健壮。
二是强化农业措施，搞好果园卫生。防治苹果树腐烂病除培养强健的树势外，每年冬春休眠季节要认真搞好果园卫生，彻底清除落叶和残留果，及时去除病、死枝，刨除病、死树，清除枯桩干橛，不在园内堆积树枝，刮除粗翘皮等，减少果园越冬病菌数量。彻底刮除病斑，刮皮前在树干周围铺上塑料布，收集病皮，防止落地。病斑应切成直茬、菱形，周围要切去2－4毫米的好皮，清除带病木质，病斑刮净后，患处涂抹5%菌毒清水剂50倍液或3.315%甲硫.萘乙酸涂抹剂。
三是推迟修剪时期，加强伤口保护。将修剪推迟到春季进行，缩短休眠期伤口暴露时间，减少病菌侵入机会。选择在阳光明媚的天气修剪，避开雾、雪、雨等利于病菌活动的潮湿天气修剪。修剪时，避免造成过多过大的伤口。修前工具应进行表面消毒，防止传染病菌。剪锯口要涂5%菌毒清水剂50倍液或3.315甲硫.萘乙酸涂抹剂保护。
四是科学使用农药，提高防治效果。最新研究结果表明，苹果树腐烂病病菌春夏秋冬一年四季都可侵染，因此，治疗苹果树腐烂病要周年进行，见到病斑就要刮治，越早越好。苹果树发芽前（3月）和落叶后（11月）喷施铲除剂，药剂可选用45%代森铵水剂300倍液或腐殖酸钾（树安康）200倍液。生长季节防治其它病害进行喷药时，一定要对树干喷药，兼顾防控苹果树腐烂病。