小麦根腐病的病原为子囊菌亚门旋孢腔菌属禾旋孢腔菌，以菌丝体潜伏在种子内部和病残体中越夏或越冬，也能以分生孢子附着在种子和病残体表面越夏或越冬。小麦根腐病的流行取决于品种抗性、气候条件和栽培管理等多种因素。小麦根腐病菌在种子内外和病残体内越冬，同时由于连作土壤带菌量大，不重视药剂拌种或拌种粗放，造成病菌残留逐年积累。气候环境如冷害、涝害、旱害、冻害等引起植株衰弱均能引起发病，生长后期高温高湿易蔓延。田间管理措施不当，不能适期播种，整地质量差，播种过深或过浅等，均能引发和加重小麦根腐病的发生。
