百菌清能与真菌细胞中的三磷酸甘油醛脱氢酶发生作用，与该酶中含有半胱氨酸的蛋白质相结合，从而破坏该酶活性，使真菌细胞的新陈代谢受破坏而失去生命力。下面来介绍一下百菌清在大田上的运用。
1.水稻稻瘟病的防治
防治叶瘟时，田间见发病中心开始喷药，隔7天再喷1次。防治穗瘟，在水稻破口期和齐穗期各喷药1次。每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1500~1900克(有效成分1125~1425克)，加水1050升，搅均匀喷洒。
2.水稻纹枯病的防治
在病害发生初期或在幼穗形成期至孕穗期喷药，隔7天后再喷药1每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1500~1900克(有效成分1125~1425克)，加水1050升，搅均匀喷洒，重点喷洒水稻茎部。
3.小麦叶锈病和叶斑病的防治
在病害发生初期开始喷药，隔7天喷药1次，连续喷药2~3次，每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1500~1900克(效成分1125~1425克)，加水1050升，搅均匀喷洒。
4.花生锈病、褐斑病、黑斑病的防治
在病发生初期开始喷药，每隔7~10天喷药1次，连续喷药2~3次。视花生的生长期和病害发展情况再决定是否施药。每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1500~1800克(有效成分1125~1350克)，或用40%达科宁悬浮剂商品量1500~2250克(有效成分600~900克)，加水900升搅均匀喷洒。