在冬季气温低于1度以下时，水蛭在泥土中蛰伏越冬潜伏的深度一般为15～25厘米，长江流域浅些，7~15厘米，到3～4月份出蛰活动。白天常躲藏在水中的石块、杂草之下或水中潮湿的泥土中隐蔽场所，很少在外边活动，夜间则活动频繁，出来觅食。一般情况下，水蛭多生活在含溶解氧0.7毫克/升以上的水域里，低于一定的溶氧度时，水蛭就纷纷钻出水面，爬到岸边土壤草丛中，呼吸空气中的氧气。
水蛭属软体柄息动物，喜欢在石块较多、池底及池岸较噔硬的水中生活，这些环境有利于吸盘的固着、运动和取食C一般来说，水煙在岩石底上较多，其次是石子底，有泥沙碎石的泥沙底，而在深水的淤泥中最少。水草或藻类较丰富的水域，水蛭相对较多，这有利于其隐蔽和栖息。水蛭有时也爬上潮湿的岸边活动。因此，岸边土壤潮湿，草丛丰富将有利水蛭柄息和交配繁殖。