畸形菇降低产品等级，甚至失去商品价值，影响栽培经济效益，这个问题普遍存在。常见的畸形菇有：菌盖紧抱不展，呈拳头状；柄长肥粗、盖小，呈花瓶状；盖凹陷、边裂外卷，呈破碗状；盖窄长，呈牛舌状；盖面斑点，呈麻脸状；盖中瘤肿突起，呈胀腹状；两盖并展、柄紧连，呈蝴蝶状；盖弯曲不平，呈波边状；盖圆包裹、菌褶收缩，呈光头状；盖面纵裂沟缝，呈花菇状；数菇并生，呈莲花状；此外还有菇体萎缩形、菇体偏黄变色形等等。畸形菇的发生，究其原因是培养环境条件与白灵菇生理、生化要求不相适应。关键在于出菇期温、湿、光、气协调不好，在管理技术上操作失误等等。下面进行具体分析，并提出避免畸形菇发生的相应措施。
1.房棚结构不合理
白灵菇栽培场所（室内菇房和野外菇棚），不少建造简陋，结构不合理。有的菇房门窗单向，有的通风口开在墙体上半部，致使室内空气不流通；有的塑料大棚两旁虽有通风口，但通风口都是朝着菌墙两端；也有的虽然开有通风口，但为了保温，始终没打开。由于棚内空气不流通，造成严重缺氧，致使好气性的白灵菇变成畸形。理想的菇棚应为坐北朝南或坐西向东。从保温和通风角度考虑，栽培房棚不宜太大，一般长方形每棚以容3000袋（15×8×2.2m）或5000袋（25×8×2.2m）为适。通风口应设在长向两旁下方，用砖砌成24×24cm口径，每隔1m开1个，横向两旁的口与口等高，有利于空气对流。菇棚两端门膜应能开能闭，有利于纵向空气对流；棚顶应用无滴膜加草帘或遮阳网。
2.菌墙垒叠不科学
其表现：菌袋进棚垒墙太高，10袋1码，超过1m；有的菌墙之间填入粘性土壤，不透气；有的填土后浇水不足，偏干；有的菌墙码垛过于密集，中间不填土；有的垒墙时，袋头割膜不得法，入墙部分只割1/3太少、而露外一端反而割膜，菌丝体露空不保湿。这些，使得子实体生长发育必然受到抑制。比如北方菌袋叠墙，袋间填土水分不足，进入寒冬加温、催蕾时水分少、偏干，菌袋内的含水量反被填土吸收，使菌丝体脱水，必然出现菌盖不展或萎缩状态的畸形菇；而粘性土壤板结、透气性差，对菌丝体不能起调节作用，反而阻碍正常的生理生殖。