1、查苗补苗
芝麻在播种后一般一周内即可出苗时，这样要准时查苗，一旦发现小苗不能准时出苗或出苗不全，要准时查找因素，采取相应的办法。对于缺苗的要准时移苗补苗，而缺苗严重征象的，要准时用同一品系催芽重播。在播种后遇雨、雨后久晴的天气时，土壤极易板结，产生硬可，不利小苗的出土和成长，要准时松土浇水，破除板结情况，促使新苗出土。
2、减苗定苗
在芝麻的小苗成长整齐后要准时的剪苗，剪苗一般在小苗成长出一对真叶时进行，将成团的小苗分开，去掉密集苗。成长出2～3对真叶时进行第二次减苗，而成长出第四对真叶时开始定苗。定苗的时间不宜过早，尤其是在病虫害发作严重的期间，要多减苗，留取一个别的壮苗做为补苗用。在定苗前要浇透水，在带土移栽，最好在傍晚或阴天进行，定苗后要准时浇定根水，以利成活。
3、中耕锄草
在苗期中耕锄草是一个主要工作，中耕的时间和深度要按照天气、土壤以及新苗成长情况进行，一般在第一次减苗时进行第一次中耕，这时中耕宜浅不宜深，以锄草保商为主，以免中耕过深损伤到新苗根系。第二次中耕在第二次剪苗时进行，中耕深度在5～6厘米为宜，第三次中耕在定苗后，新苗成长出第五对真叶时进行，这时深度可达8～10cm。而到小苗现蕾后则需中耕，在最后一次中耕时，要进行覆土封根，以利排灌、除渍害和干旱、减少病害，避免倒伏等，此外要做到有草就除。
4、病虫害防治和治疗
芝麻在苗期的重要病虫害有枯萎病、病毒病、立枯病、小地老虎、蚜虫等，它们都会影响到芝麻成长，严重时酿成缺苗断垄。在栽培前可用适乐时药剂拌种和呋喃丹混入土壤中消毒灭菌。在生产时可人工捕杀幼虫、抹去卵块，准时发现并拔除病株带出田外销毁，再喷洒多菌灵和乐斯本乳油防治和治疗。