由于浸种催芽操作不当而造成种子不能发芽或发芽不好的现象时有发生，掌握正确的浸种催芽的方法是保证种子正常发芽的重要条件，那么应该如何做好杂交水稻种子的浸种催芽工作呢？
一、浸种前先把种子淘洗干净，把浮在上面的病谷、秕谷、芽谷捞出，单独进行浸种催芽。
二、用使百克等抗菌剂进行浸种，即可消毒防病（特别是恶苗病，只有通过种子消毒才能预防），又可提高种子发芽率。
使百克配制成1500倍药液进行浸种（每支2毫升药液加水3公斤），不必预浸，中途不换水，浸种后用清水洗净再进行催芽。
三、浸种时间杂交籼稻一般掌握在12-24小时，颖壳较薄，开谷较多，吸水较快的种子，应缩短浸种时间；杂交粳稻颖壳较厚，吸水较慢，浸种时间一般掌握在36-48小时。浸种时如发现水有异味，应及时更换。
四、种子催芽时要放在通气性好的容器中，不要用塑料袋、编织袋（四周易形成水膜影响通气）等容器进行催芽，以防由于透气性差，造成闷种。催芽时上面盖上湿布或湿毛巾，催芽过程中一般8-12小时翻动一次，以免闷种烧芽。催芽过程中不要过多淋水，因为水分太多只长芽不长根，播种后影响成秧率，催芽时更不能直接放在太阳底下曝晒，以免烧种。
五、如果催芽技术不过关，可浸种后直接盲谷播种。撒直播的必须催芽后播种，而且必须有根有芽才能播种。