西葫芦菌核病主要为害瓜条及茎蔓。瓜条染病，先发生于残花部，然后引起瓜条发病。开败的残花上先是呈水浸状腐烂，然后长出白色菌丝，菌丝中间散生有鼠粪粒大小的黑色菌核。茎蔓染病，病斑开始呈水浸状，然后变褐、软腐，长出白色菌丝。
防治方法：1.农业防治。西葫芦收获后及时深翻，轮作倒茬，将菌核埋深。高畦覆膜、膜下灌水栽培。及时摘除病叶、病花、病瓜条及老叶、黄叶，带出田外集中处理。管控好棚室的温湿度，日温控制在28摄氏度，相对湿度低于65%。2.物理防治。播前用10%盐水加倍加倍智能因子膜500倍液浸种2~3次，汰除菌核，减少菌源。3.土壤消毒。定植前，每亩用40%五氯硝基苯1公斤兑细沙土20公斤拌匀；配成药土后耙入土中进行土壤消毒。4.药剂防治。发病始期，及时喷施50%异菌脲可湿性粉剂1500倍液，或50%腐霉利可湿性粉剂1500倍液，或50%乙烯菌核利可湿性粉剂1000倍液，或75%百菌清可湿性粉剂500倍液，或95%丙环唑可湿性粉剂1000倍液。每隔7~8天1次，连续2~3次。