大葱在秋季生长期间，易发生紫斑病、锈病和霜霉病。发病初期，及时进行药剂防治，能有效控制病害的蔓延，提高大葱产量和品质。大葱紫斑病在高温潮湿条件下发病普遍。病斑多在叶上发生，纺锤形，稍凹陷，有同心轮纹，呈紫色并覆有霉状物。染病处变软易折，重者叶子枯死。可用50%多菌灵400倍液或50%代森铵600倍液，一般每隔7~8天喷洒1次，连喷2~3次。
大葱锈病阴雾天气易发病。病斑多在葱叶上，为菱形或椭圆形，稍凹陷，呈橘红色，借风、雨传播，导致再感染。可用20%粉锈宁2000倍液或12.5%禾果利20~30克对水50公斤喷洒。一般每隔5~7天喷洒1次，连喷2~3次。一定要在发病初期开始喷药，否则效果很差。
大葱霜霉病在阴凉潮湿的条件下易大发生。病部呈白色或浅黄色，多从弱株或健株的下部老弱叶感病，逐渐向上蔓延，重病株只剩下1~2个新抽生的嫩叶。可用瑞毒霉可湿性粉剂1500倍液，一般每隔6~7天喷1次，连喷2~3次即可控制病害发展。