危害黄瓜的病害主要有：霜霉病、白粉病、炭疽病和枯萎病等。
霜霉病防治：霜霉病是真菌病害，湿度过大，叶上有水滴，是感染霜霉病的必要条件。栽培管理和发病有密切关系，特别是在缺肥的情况下最容易发生。在管理上要注意通风换气，降低空气湿度。也可利用高温高湿闷棚法杀死霜霉菌。具体做法是：在灌溉后棚内空气湿度较大的情况下，晴天正午密闭大棚，使棚内温度高达35℃以上，闷棚约2小时后，逐渐通风排湿降温。药剂防治可选用25%的瑞毒霉600～800倍液，或25%甲霜灵锰锌500～600倍液，或40%甲霜铜500倍液，或64%杀毒矾400倍液，或40%乙磷铝(疫霉净)500倍液喷洒。在发病前和发病初可用百菌清烟剂熏棚2～3次。
白粉病防治：白粉病在空气稍干燥的情况下易发生。可用400倍福美胂或300倍可湿性硫磺粉，或15%粉锈宁1500～2000倍液，或40%敌菌酮800倍液及农抗120200倍液防治。
炭疽病防治：用50%多菌灵500～600倍液，50%炭疽福美400倍液防治。
枯萎病防治：该病在连作的情况下危害极大，一般多在收获期开始时发生，但在苗期也有发生。主要采用综合防治。轮作倒茬，深翻土地，增施农家肥，采用小高畦栽培，适当控制淡水，加强中耕松土，用南瓜作砧木进行嫁接及土壤处理(每667平方米用多菌灵2.5千克与细土混匀，定植时撒到土坨周围，然后封土)。也可用64%菌枯净600倍液，治委灵500倍液防治。
主要虫害有蚜虫、白粉虱、杀黄螨。白粉虱用扑虱灵、功夫等防治;蚜虫永速灭杀丁、灭杀毙及乐果等防治;杀黄螨用三氯杀螨醇防治。