1.育苗方式
番茄有机营养无土栽培完全脱离了土壤，一般不会遭受土壤病害的影响。因此，一般不需要进行嫁接育苗。另外，为使番茄苗完全摆脱土壤的影响，无土栽培番茄还应进行无土育苗。护根育苗有利于保持根系完整，比较适合于无土栽培，有条件的地方应用育苗钵进行护根育苗。
2.无土育苗技术要点
番茄无土育苗分为完全无土法和半无土法两种。完全无土法是将催出芽的种子直接播种到育苗基质上，在育苗基质上直接培育成苗。该育苗法的根系保护效果好，不伤根，但由于无土育苗基质的保湿性比较差，需要经常浇水，基质表面的湿度比较高，容易发生苗期病害，在防病措施不利的情况下，用此法育苗往往发病严重。半无土育苗法是先将催出芽的种子播种到育苗土中，待幼苗长出1-2片真叶时，把幼苗移栽到大的育苗钵中，进行基质育苗。该育苗法可以对育苗床进行控湿管理，防病效果好，但该育苗法移栽幼苗时，需要将幼苗根上的土用水冲洗掉，伤根严重，栽苗后缓苗时间长，育苗时间也加长。目前生产上也有将番茄苗带少量的土移栽到无土基质中的做法，不过移苗前必须将苗根放入多菌灵药液中浸泡几分钟，对所带土进行灭菌处理。
(1)番茄全无土育苗技术要点
①种子处理主要是消毒、浸种和催芽处理，具体做法与番茄常规栽培法的基本一致，可参考进行。
②准备育苗基质番茄无土育苗基质目前应用比较广泛的是蛙石、草炭混合基质，两者的混合比例为1:10。
育苗前应对基质进行高温灭菌处理或药剂处理。高温灭菌处理主要是进行蒸汽消毒，具体做法是:将育苗基质装入消毒箱内，向箱内通人蒸气，使基质保持70--90℃的高温1小时。药剂消毒主要是用福尔马林、氯化苦、澳甲烷等熏杀，具体做法是:将育苗基质培成堆，向堆内注入消毒剂，而后用塑料薄膜将堆覆盖严实，熏蒸7天后，摊开晾晒7--10天，散发掉残留消毒剂后再用来育苗。
对基质除了直接消毒外，在填入育苗钵或育苗盘中前，还应拌入适最的多菌灵或苗菌敌、甲基托布津等，对基质作进一步的防病处理。
③准备育苗钵和育苗盘育苗钵主要是用来培育大番茄苗，一般培育4叶以上的番茄苗就需要用育苗钵来育苗。育苗钵可用常规育苗钵，也可以用多孔育苗钵，具体应根据营养液的浇灌方式来确定。采取渗液法供液应选择多孔育苗钵，采取浇灌法或滴灌法供液，可选择常规育苗钵。
育苗盘适合用来培育小苗，一般4叶以下的番茄苗均可用育苗盘来直接培育。育苗盘是用硬质塑料压制成的具有许多个规则排列的育苗穴(形状类似普通育苗杯钵)的塑料盘，育苗穴的规格从1.5厘米x1.5厘米x2.5厘米到5厘米x5厘米x5.5厘米不等(育苗穴规格中的前两个数表示育苗穴的长和宽，后一个数表示育苗穴的高度)。一般培育大苗要选用大规格的育苗穴盘，培育小苗应选用小规格的育苗穴盘。按育苗穴的大小和数最不同，育苗盘分为72穴盘、128穴盘、200穴盘等多种。育苗盘育苗可喷灌营养液也可将育苗盘放入营养液中，由育苗穴底部的孔眼向钵内渗透营养液，营养液管理比较灵活。
④播种点播种。每个育苗钵或盘穴内播种带芽的种子1粒，没出芽的种子播7粒。播种后V盖育苗基质约半厘米厚，播完一个苗床后，随即用地膜覆盖严实保湿防落干。晴天中午前后，地膜下的温度容易偏高，要对地膜进行适当的遮萌。
⑤苗期管理
营养液与水的管理:番茄无土育苗用的营养液配制方法参见第一部分的无土育苗一节。
发芽期一般只浇清水，不浇营养液。播种后随即用喷壶将基质喷透或用滴管将基质滴浇透水，以后直到种子出苗，一致
保持基质湿润。当大部分种子出苗后开始浇营养液，以后交替浇灌营养液和水。营养液和水的浇灌方法主要有喷灌法、浸液法和浇灌法三种。喷灌法是以喷水的方式，定期将营养液和水喷到育苗床内，育苗盘育苗多采取喷液法，一般交季每天喷1-2次，冬季每2-3天喷一次。浸液法也叫底部供液法，该法是将育苗床底及四周用不漏水的塑料薄膜作衬底，把营养液和水交替积蓄在育苗床内，将育苗钵或育苗盘排于苗床内，营养液由育苗钵或育苗盘的底部进入苗钵内，育苗期间经常保持液面高2厘米左右。浇灌法是用水壶、水勺等将营养液和水浇入基质内，该法浇灌质量好，浇灌均匀，主要用于育苗钵育苗。
播完一个苗床后，随即用地膜覆盖严实保湿防落干。晴天中午前后，地膜下的温度容易偏高，要对地膜进行适当的遮萌。
温度管理:番茄无土育苗不控制育苗床的湿度，苗床湿度大，番茄苗容易发生旺长，要注意加强温度管理，通过控制温度来达到控制徒长的目的。番茄无土育苗的适宜温度是:白天25℃左右，夜间12-15℃，昼夜温差保持在10℃以上。
通风管理:无土育苗的苗床湿度比较大，要加强通风管理。一般当苗床内大部分种子出苗后，开始通风，只要苗床外的温度不低于12℃,就要进行适量的放风，夜温度不低于15℃时，应昼夜大通风，不覆盖薄膜。
防病管理:番茄无土育苗容易发生碎倒病和立枯病，要加强防病措施。除了播种前对种子以及育苗基质消毒外，出苗后还要用普力克、高锰酸钾等浇灌基质，并加强通风管理。
激素应用:番茄无土育苗容易发生旺长，单纯依靠控制肥水和温度往往难以收到理想的效果，还需要用助壮素或矮壮素等进行化学控制。当发现幼苗有徒长现象时(主要表现为叶柄细长、叶色浅黄，苗茎细长、色浅，生长加快)，用上述激素喷洒心叶，几天后心叶颜色变深、叶面出现皱缩，表明徒长得到控制，应停止喷洒，反之则应继续喷洒，一般整个育苗期间需要喷洒2次左右。
(2)番茄半无土育苗技术要点
番茄半无土育苗法的有土育苗阶段的种子播种前处理、育苗土制作以及播种和苗床管理等的内容和技术可参照番茄常规育苗部分进行。半无土育苗法的适宜移苗时间为2-3叶期。移苗时带土将苗起出，用水清洗掉根上的泥土后，将苗分栽到无土育苗钵内，培育大苗。如果劳力不足，不能够用水清洗掉根上的泥土时，应抖掉根上的大部分泥土，并用多菌灵或百菌清药液浸根后再分栽于育苗钵内。栽苗后的缓苗期间要对育苗床进行适当地遮荫，并保持适宜的温度，缓苗后再转入正常的管理。无土育苗部分的管理内容与方法同完全无土育苗法，这里不再阐述。