1.集中降雨导致玉米出苗不齐一是雨前两三天播种，玉米种刚萌动，长期处于水的浸泡当中，快速吸水膨胀，造成了粉种。二是玉米幼苗对涝渍害反应特别明显。玉米是一种需水量大而又不耐涝的作物，当土壤湿度超过田间持水量80%以上时，植株的生长发育即受到影响，尤其是在幼苗期，表现更为明显。玉米种子萌发后，遇到前旱后涝，涝害发生得越早受害越重，淹水时间越长受害越重，淹水越深减产越重。一般淹水3天，就可导致植株发黄、死亡。
2.播种深浅不一正常玉米播种深度以3～5厘米为宜，播种过深加上遭遇阴雨天气，种子长期处于水膜密封环境，播种深的拱土能力受限，且次生根无法正常生长，吸收不到营养，自身营养又耗尽；播种浅的无法吸水，造成种子先干后湿，吸水不均，加之出苗后连续阴雨造成缺苗严重。
3.降雨导致部分玉米出现药害正常年份芽前除草剂形成的药膜在0～1.5厘米处，连阴雨天后药膜下移，致使处于3～5厘米处已发芽的玉米种受到药害，玉米苗无根毛，依赖于根毛的水和无机盐无法运输，叶色变黄，萎蔫而死。
4.品种抗逆性较差品种间的抗逆性有一定差异。同一环境、品种不同、籽粒大小不同、种子角质和粉质成分含量不同等出苗差异很大。相邻地块，甚至同一地块，一个品种出苗整齐，叶色绿，另一个品种缺苗，叶色黄。含粉质较多的种子长期处于高湿或者先干后湿环境，就会出现粉种，严重缺苗。
5.不同土壤质地、不同高低地块因气候异常出苗情况不同粘性较大、低洼地、保湿较好的出苗差，因它透气性差，排水性不良，玉米种子长期处于高湿环境中，不利于出苗。
6.与栽培起垄方式有关平板不起垄地出苗差，因为它大平小不平，排水不畅，造成局部积水，影响玉米出苗。