辣椒疫病主要为害叶片、果实和茎，特别是茎基部最易发生。病菌以卵孢子在土壤中或病残体中越冬，借风、雨、灌水及其他农事活动传播。发病后可产生新的孢子囊，形成游动孢子进行再侵染。重茬、低洼地、排水不良，氮肥使用偏多、密度过大、植株衰弱均有利于该病的发生和蔓延。
防治方法：
(1)实行轮作、结合土壤深翻后喷洒新高脂膜800倍液，适量施用氮肥，改善土壤结构，提高保肥保水性能，促进根系发达，植株健壮。
(2)定植辣椒苗之前和定植当天，分别细致喷洒两次护树将军杀菌消毒，做到净苗入室，减少病害发生。
(3)结合根外追肥和防治其它病虫害，在辣椒的开花期、生长期、成熟期及时喷洒辣椒壮蒂灵，提高番茄植株自身的适应性和抗逆性，提高光合效率，促进植株健壮。调控好植株营养生长与生殖生长的关系，促进植株健壮长势，提高营养水平，增强抗病能力。
(4)全面覆盖地膜，加强通气，调节好温室的温度与空气相对湿度，使温度白天维持在25-30℃，夜晚维持在14-18℃，空气相对湿度控制在70%以下，以利于番茄正常的生长发育，不利于病害的侵染发展，达到防治病害之目的。
(5)在化学防治上，定植前要搞好土壤消毒，结合翻耕，喷洒新高脂膜800倍液杀灭土壤中残留病菌。定植后，适时喷洒护树将军1000倍液进行保护，防止发病。如果已经开始发病可选用以下药剂：70%甲霜灵锰锌或70%乙磷铝锰锌500倍液，25%瑞毒霉600倍+85%乙磷铝500倍液，75%百菌清800倍液等。以上药液需交替使用，以便提高药效，增强植株的抗逆性能，提高防治效果。