草麻黄节长3~4厘米；木贼的茎为圆柱形、黑色和棕色，高达1米。草麻黄的叶子为双歧，顶端锋利；木贼的叶子鳞片状，基部为圆柱形。草麻黄的花呈椭圆形；木贼不开花，会在孢子中繁殖。
茎的差异
草麻黄木本茎短或匍匐，小枝直或稍曲，表面有细的纵向沟槽，缝长2.5厘米至5.5厘米，主要直径3至4厘米，直径约2毫米，绿色。
木贼的茎行走或直立，圆柱形，黑棕色，高达1米或更高，直径5至9毫米，关节长约5至8厘米，绿色。
叶的差异
草麻黄叶为双歧，叶鞘约占总长度的1~2倍，叶为三角形，顶尖。
木贼叶退化为鳞片状，基部合成圆柱形鞘，鞘约6至10毫米长。
花的差异
草麻黄花顶在侧枝上，卵球形或矩形卵球形，具4对苞片。花成熟肉质红色，长方形椭圆形或近圆形，长约8毫米，直径约6毫米。
木贼不开花，会通过孢子繁殖。