虽然荞麦有不少的优势，具有较大的增产潜力，但在生产过程中，也常见到有一些病害危及荞麦的正常生长，主要病害有立枯病、轮纹病、霜霉病、褐斑病等，这几种病害都可能给荞麦生产造成较大的损失，因此要及早预防，当病害刚一露头时，就要加强防治。
预防措施
一是最常规的方法，可用50℃~55℃的温水将荞麦浸泡5分钟，然后凉干播种。
二是可用50%多菌灵可湿性粉剂25克，与5公斤荞麦种均匀拌合。这两种方法，均可起到消毒杀菌的作用。
对于苗期已经发生立枯病的荞麦苗，可喷施65%代森锌可湿性粉剂500~600倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂800~1000倍液，或3%多氧清（多抗霉素）800~1000倍液，或2.5%适乐时种衣剂每亩10毫升，分别兑清水10公斤喷施。
对于轮纹病，可用0.5%的波尔多液或65%的代森锌可湿性粉剂600倍液，或40%的多菌灵胶悬剂500~800倍液喷施。
对于霜霉病，在发病初期，可用25%瑞毒霉（甲霜灵）可湿性粉剂800~1000倍液喷施，或用65%代森锌600~800倍液喷施。
对于褐斑病，可用75%代森锰锌可湿性粉剂或65%的代森锌等杀菌剂500~800倍液喷施。