轮作换茬。发病较重的地块，实行与非瓜类作物4年以上轮作换茬。
种子消毒。用40%甲醛，(福尔马林)100倍液浸种30分钟，洗净后浸种催芽；或用种子重量0.3%的25%瑞毒霉可湿性粉剂拌种。
土壤处理。每平方米苗床用25%甲霜灵可湿性粉剂8克，与少量土拌匀撒在苗床上，或定植前用25%甲霜灵可湿性粉剂600倍液喷洒地面。
嫁接防病。用黑籽南瓜或南砧1号作砧木对黄瓜进行嫁接，不仅能防治枯萎病，也可防治疫病。
加强栽培管理。采用高垄栽培，地膜覆盖。整平地面，防止积水。合理浇水，切忌大水漫灌。及时通风，降低温室内湿度。避免偏施氮肥，增施磷、钾肥料。及时清除病叶、病瓜，防止蔓延。
药物防治。发病初期用25%甲霜灵可湿性粉剂600倍液，或58%的甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，或50%的甲霜铜可湿性粉剂500倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或72.2%普力克500倍液，或40%乙磷铝可湿性粉剂300倍液，或50%敌菌灵可湿性粉剂500倍液，或72%克露可湿性粉剂600倍液。7至10天喷一次，连续2至3次。