菇房应选择地势高燥，排水方便，周围环境清洁，远离鸡棚、畜舍、仓库及饲料间，近水源并有堆料场地的地方。方位以坐北朝南（东西向延伸）为好，南墙最好搭出廊檐。菇房南面留一个约1.6m宽的走廊。
菇房规格
一般菇房建筑面积以160～300平方米为宜。菇房从地面到屋顶高约4～6m，宽约8～10m，以9m为宜，长约20～30m。
菇房通风
双孢菇生长发育过程中所需的新鲜空气，依靠菇房通风进行控制和调节。良好的通风，应在菇房缓慢扩散，对流而过，不留死角，能够吃得进、排得出，保证双孢菇的生长发育。通风口的设置，一般每条走道两端可开上中下三道窗，规格40cm×46cm；也可开五道通风窗，规格25cm×50cm；每条走道中间的屋顶上设置拔风筒1只，直径25～30cm。
层架排列与结构
双孢菇层架排列的方向应和菇房的方向垂直，一架分若干层，排列适宜，过密、过稀均不利于双孢菇生长。一般层距55～60cm，高5～8层，底层离地面15～20cm，架与架之间60～70cm，床面宽120～150cm。
建筑材料
既可选用钢筋水泥，又可用轻钢板材，还可用竹木等。前两者造价高，使用年限长。选用竹木建造者，则造价低，使用年限短，建造方便。
栽培季节
双孢菇菌丝体生长的适宜温度为5～33℃，最适温度为20～26℃。子实体生长的适宜温度为7～28℃，最适温度为13～18℃。在山东等地，利用自然气温栽培双孢菇，一般一年栽培一次，即秋季栽培，秋季出菇，越冬管理，春季出菇。在山东省利用自然气温栽培时，具体安排为：原料预湿（7月下旬）→堆料发酵（7月底～8月初）→播种（8月底～9月初）→覆土（9月中下旬）→秋菇采收（10月上中旬～12月上中旬）→越冬管理→春菇采收（3～5月）。以上时间，可根据气侯变化灵活掌握。
培养基配方（单位：100平方米，kg）
1.麦秸（稻草）牛粪培养基
麦秸（稻草）2200，干牛粪2000（或干鸡粪800），石膏80，石灰70，碳酸钙60，过磷酸钙40，硫铵20，尿素25，发酵剂1.5。
2.饼肥（无粪）秸秆培养基
稻草或麦草3000，菜籽饼200，石膏粉90，石灰75，过磷酸钙50，尿素45，碳酸钙40，硫酸铵30，发酵剂1.5。
3.专用肥秸秆培养基
麦草3000，双孢菇专用肥300，石膏80，石灰粉50～60，发酵剂1.5。
4.棉籽壳牛粪培养基
棉籽壳2500，玉米芯1000，麦麸130，饼肥130，干牛粪200，尿素20，过磷酸钙80，石膏40，石灰50，草木灰50，发酵剂1.5。以上配方，可用同类物质替换。料多产量高，反之亦然。
堆制与发酵场所选择
选择地带开阔、排灌方便、靠近菇棚，远离鸡栏牛棚，最好是水泥地面的场所。如是泥土地面，应擂实，四周设排水沟，四角挖积水坑，使料内流出的肥水积聚在坑内，再浇回料内，以免流失。一般100平方米的栽培面积，料堆长约10m，宽2.2～2.5m，高1.6m左右。
1.预湿
堆料前2～3天，将麦秸、稻草、棉籽壳等摊于地面，均匀喷水浸湿，以湿透为度，含水量60%左右；干粪粉碎后，加入清水拌匀，湿度掌握在能捏成团，松手散得开为度，含水量50%～55%。
2.堆料
堆料前将场地打扫干净，先铺1层萆，约30cm厚，堆宽2.5m，长约10m，然后在上面铺1层粪，以盖没草层为度，粪上再铺30cm厚的草，上面再撒1层粪。依此顺序往上堆叠，直到料堆高达1.5～1.6m为止，最上面盖一层粪，如有人畜尿，可在上层浇入代替水。饼肥和尿素一般在堆料中间3～6层时加入，上下两头不加，以利充分发酵和吸收。铺料时如草料较千，可适当喷水调湿。注意堆型四周垂直、整齐，以利于保持堆内温度，促进好热性微生物的繁殖。堆料顶部做成弧形，堆顶覆盖萆帘，防日晒。堆中间，每平方米应加12～15cm木棒等物3～5根，以通气，利于微生物的活动。下雨时盖薄膜，防雨水淋入料内，雨后及时揭膜，以利通气。
3.前发酵
共三次翻堆：第一次翻堆在建堆后5～7天，加1/2复合肥、过磷酸钙，并将麦秸的含水量控制在65%～70%。翻堆结束后，在四周撒上石灰粉。第二次翻堆在第一次翻堆后4～6天，加1/2石膏粉和过磷酸钙，将宽度扩大为2m，高度不变，长度自定，适当补水。如遇雨天应及时盖好薄膜，雨停后马上掀开。第三次翻堆在第二次翻堆后3～4天，翻堆时调节pH值为7.2～7.8，培养料含水量为63%～65%。翻堆时司亦可不受天数限制，当堆温达70～75℃时，即可翻堆。
4.后发酵
第三次翻堆后2～3天，料温达到最高时，按计划用量趁热运进菇床集中堆放，堆高50～55cm，随即覆盖棚膜。当料温上升到60～62℃、气温55℃左右，保持6～10h。有利于嗜热微生物的生长，还可将病菌、杂菌、害虫杀死。然后降温至50～52℃，维持4～5天，使有益的中温型嗜热微生物（主要是腐殖霉菌和放线菌）大量繁殖生长。随后撤膜降温，当降到40℃左右，将料摊放于菇床，厚25～30cm，打开门窗通风降温，排出有害气体。发酵好的培养料质地柔软有弹性，草形完整，一拉即断，棕褐色至暗褐色，料表面有一层白色放线菌，料内可见灰白色嗜热性微生物菌落，无病虫杂菌，无酸臭味，无氨味，含水量62%左右，手握料有2～3滴水；pH值为7.0～7.5。
播种
待料温降至25～28℃时，盖好塑料薄膜和草帘，准备播种，播种前要检查一下，菌丝浓白粗壮的为优质菌种。按每平方米1～1.5瓶的播种量，把菌种成粒状掏出或轻柔地搓成粒状。把总量的3/4先均匀撒到畦床上，用手或工具把菌种和培养料混匀（底部8cm左右不播菌种）然后用木板将料面整平，轻轻拍压，使料松紧适宜（厚度为25～30cm），料面成弧形，以利覆土。然后把剩余的1/4菌种撒到料床表面，并用手或耙子扒下，使菌种稍漏进表层，或在菌种层上再薄薄地盖一层麦草并压实，以利定植吃料，不致使菌种受到过干或过湿的伤害。这是国际上推广的混播＋表播方法。
发菌
播后3天，紧闭菇棚，稍微通风，以保湿为主。播后1～2天菌种萌发出绒毛状菌丝，3天开始吃料，遇高温（28～30℃或以上）天气，应加强通风换气，夜间将通风口全部打开，通风降温，防止菌丝闷热不萌发。3天后随着菌丝生长，逐渐加大菇棚通风量，促使菌丝尽快在培养料中定植。一般播种7～10天，菌丝就基本长满料面。此时，应加大通风，昼夜打开通风口，降低空气湿度，使料面较干，促使菌丝向湿度较大的料内生长，缩短发菌期，减少病虫害的侵染。
覆土
一般播后16～20天即菌丝长到或基本接近料底时，即可覆土。每100平方米需要团粒结构、孔隙多、持水强、吸水快的土3立方米。先将土用筛子筛1次，加15kg石灰拌匀，将含水量调节在16%～18%之间。覆土前将菌床表面用手轻扒一下，使表层菌丝断裂，覆土后菌丝可在断裂处快速形成新的生长点，缩短菌丝爬土时间。覆土要均匀一致，厚度为3～3.50m。当覆粗土6天左右，在土缝间能看到菌丝，部分菌丝穿入粗土中时，盖1cm厚干细土。
调水
覆土后出菇前仍处于菌丝生长阶段，关键是调水。原则是少喷、勤喷、轻喷、循环喷，达到调透土，不漏料的效果。调水分3次进行，采取两头轻、中间重的喷水法。最后将土粒调至无白心，质地疏松，手能捏扁，含水量20%，菇棚内空气湿度保持在80%～85%，地面潮湿。调水时要避免急水，喷头应抬高或反向喷雾，调至上层有明水。整个调水过程都要视气温、风力等情况配合通风，以保持棚内新鲜空气，使菌丝在土层中横向生长，促使菌丝在粗土上、细土下形成出菇部位。
耙平覆土层
覆土后第8天左右，因大量调水导致覆土层板结，可用几根粗铁丝拧在一起，一端分开，弯成小耙状，松动菇床的覆土层，以改善通气及水分状况，且使覆土层混匀，使断裂的菌丝体遍布整个覆土层。这是国际上工厂化生产时普遍采用的技术。
秋菇的管理
双孢菇从播种、覆土到采收，大体需要40天左右的时间。秋季产菇的高峰期在11月前后这段时间内。若此时气温正常，白采菇到结束，一般可采3～5潮菇。第一潮至第三潮菇，产量较为集中，约占双孢菇总产量的70%左右，所以秋菇管理是双孢菇生产中管理技术的重点。秋菇期间，由于培养料营养丰富，气温适宜，双孢菇生长速度伙，出菇密度大，潮次周期短，产量集中。双孢菇对水分、空气需求量大。因此，要正确处理好温度、湿度、通风三者之间的关系，既要多出菇，出好菇，又要保护好菌丝，为春菇生产打下基础。
1.水分管理
秋菇前期，一般每潮菇喷2次出菇重水。当每潮菇长到黄豆粒大小时，喷一次重水；当每潮菇采收到80%左右时，喷一次重水，以供下一潮菇形成时所需的水分。每潮菇喷好重水后，粗土重新获得充足的水分，含水量应保持在20%左右。采菇前后不要喷水，以免影响双孢菇质量和下一潮菇的形成。喷水应在温度适中时（18℃以下）进行，一般在夜间或早、晚喷水。
秋菇后期，因气温逐渐下降，出菇量逐渐减少，密度降低，潮次亦不明显，因而喷水量相应减少，采取轻喷、勤喷的方法。一般每平方米每次喷水0.5kg左右，使细土湿度较前期略干些，既要保持细土潮湿，又要保持细土松、软。
喷水时力求均匀，最好呈雾状，喷头朝上或稍向上倾斜，防止水流直接喷到幼菇上。喷水前后要及时检查土粒的干湿度，以便根据土层的干湿情况合理调节喷水量。干处多喷，湿处少喷或不喷，促使均匀出菇。