覆土层上出现大量鸡腿菇菌丝后，从掀去塑膜、报纸开始，即进入出菇管理阶段，该阶段工作重点如下：
通风鸡腿菇子实体生长发育阶段需要良好的通风条件，气温较低时在9点至下午3点敞开通风，气温高时可在晚上通风，如温差较大（如10月份）可在晚上敞开通风或掀开棚膜，如在棚内感觉不到或感觉有极轻微的食用菌特殊气味，说明通风良好。
湿度出菇阶段控制棚内相对空气湿度80％～90％。可通过往地面浇水、棚面喷水以及空中喷雾等方法增加湿度，不可直接向菇床灌水或向子实体喷水。
温度鸡腿菇子实体生长最适温度为20℃左右，但在自然条件下很难满足这个条件，也不易人工控制，惟一能做的是选好出菇季节，其次是根据温度来确定管理措施。比如通过覆盖物的调整、掌握通风的时间段以及通风时间等，尽量接近子实体生长所要求的温度范围。
光照鸡腿菇子实体生长所需光线比平菇要大得多，但随着光线的增强，子实体老化速度相对要快一些，色泽变化也大，因此需根据情况及时调整光线，不可盲目增加或减少。