1.虫害。
玉米苗期主要害虫有黏虫、甜菜夜蛾、蓟马、麦秆蝇等，可喷施高效氯氰菊酯、辛硫磷、敌敌畏等杀虫剂进行防治，苗期虫害防治一是要早，2-3叶期即可喷药防治，二是要全面喷药，不仅要喷洒玉米苗，还要对麦秸及其田间杂草进行全面喷药，彻底杀死麦田和田边杂草所带虫源。
2.病害
苗期病害主要是粗缩病。粗缩病是由灰飞虱传播的病毒病，山东省在2008年已经造成大面积危害。玉米一旦感染此病，将丧失形成产量的能力。对于粗缩病要坚持治虫防病、综合防治的原则，力争把传毒害虫消灭在传毒之前。根据国家玉米产业技术体系最近调查，目前正值灰飞虱发生高峰期和套播田玉米苗最易感粗缩病时期，因此应及时防治。具体方法为：①喷吡虫啉、吡蚜酮、噻虫嗪、毒死蜱等杀虫剂，可同时加入病毒钝化剂盐酸吗啉胍、三氮唑核苷等；②喷洒含烟嘧黄隆、阿特拉津等有效成分的苗后除草剂，清除田间地头杂草；③清除沟、渠、路边等地的杂草，可采用百草枯、草甘膦等除草剂，同时加入吡蚜酮、噻虫嗪、毒死蜱等杀虫剂兼治灰飞虱；④发现病株拔除深埋。