影响大棚蔬菜病虫发生的主要条件包括温度、湿度、病虫源、品种抗病性及栽培措施等，大棚蔬菜的生态控制就是通过对以上生态因素的调控，减少化学农药用量、消除污染残留，达到控制病虫危害，生产安全蔬菜的目的。下面就棚菜几种常见的病虫害讲讲其生态控制的方法。
瓜类枯萎病、病毒病的生态控制
土壤高温消毒每亩用秸秆500~1000公斤，切成4~6厘米长撒于地面，再均匀撒施石灰氮100公斤或生石灰500公斤，翻地、铺膜、灌水，然后密闭棚室15~20天，夏季地表土温可达60℃甚至更高，可有效控制枯萎病、线虫及其他土传病害，对重茬导致的西瓜枯萎病防治效果在95%以上。
嫁接换根选择云南黑子南瓜或南砧1号作砧木，对黄瓜苗和西瓜苗进行嫁接换根，可有效防止瓜类枯萎病的发生。
病毒病的控制播种前将种子用0.5%的肥皂水或0.1%的磷酸三钠溶液浸泡24小时，可防止种子带毒传病；也可用草木灰30~40公斤于露水未干前撒施叶面，使病毒失活。另外瓜类蔬菜不要混种或连作，以免互相传毒或由线虫传毒。
茄果类、瓜类灰霉病、疫病的生态控制
温度的调控棚室温度低是茄果类、瓜类灰霉病等发生的主要原因。实践中，可采用高畦双膜覆盖，棚室每3米留一个通风窗，晴天早揭草帘，下午及时盖帘；温度超过30℃及时放风，冬、春季平均气温低于15℃时，关闭通风口以达到较好的保温效果。
光照的调控光照不足温度难以保证，棚膜老化、透光性差、有水滴灰尘都会影响光照。试验测定，采用无滴膜可增加20%左右的光照。建棚时，要求棚室向西偏10度左右，以提高棚内温度。
水分的调控棚内湿度过大也是引发病害的重要因素。为此，早上棚内相对湿度在90%以上时应及时放风20~30分钟。实践证明，采用双膜覆盖、膜下浇水、及时放风的，下午3时棚内相对湿度为62%；双膜覆盖、膜下滴灌的相对湿度为58%；单膜覆盖的对照棚相对湿度为87%。
气体的调控棚内二氧化碳浓度过低会影响蔬菜光合作用，植株生长势弱，抗病力降低。对部分管理水平较高的棚室，要求增施有机肥，增加二氧化碳的浓度，或在见瓜见果后，从揭草帘到中午12时，增施二氧化碳气肥，可明显增强瓜果长势，增强抗病性。
温室白粉虱的生态控制
培育无虫苗育苗前苗床彻底消毒，用敌敌畏熏杀灭除残余虫口，并控制外来虫源。
合理布局棚内和附近地块避免黄瓜、番茄、茄子、菜豆等混种。提倡种植白粉虱不喜食的十字花科蔬菜，以减少虫源。秋冬温室第一茬种植芹菜、蒜黄等白粉虱不喜食、较耐低温的蔬菜，再种其他蔬菜，可明显减轻危害。
黄板诱杀白粉虱对黄色有趋向性，可在温室内设置黄板诱杀。具体方法：取废旧的纤维板或硬纸板，裁成20厘米×30厘米的长条，用油漆涂为橙黄色，再涂一层黏油（10号机油加少许黄油），每亩设15~20块，置于行间，与植株同高。
采用以上生态控制技术，棚室内化学农药用量一般可减少60%~80%，每亩可降低成本300~500元，提高产量20%~30%，有利于温室大棚周围有益生物群体增大，其生态效益和经济效益都十分明显。