1.病毒病
发病症状：主要为蕨叶型病毒病，表现为新叶细长呈蕨叶状，顶芽发育成线状叶，小叶狭长退化，中下部叶片边缘上卷，植株出现不同程度矮化。
防治方法：(1)采用防雨栽培。将棚膜扣好，用作遮阴防雨平时打开顶风和底风通风，雨天关闭风口。(2)黄板诱杀蚜虫。将一块长50厘米、宽20厘米的木板或纤维板刷上黄油漆，上面涂一层机油，挂在植株顶端，每亩用30～40块。(3)初花期喷100倍NS83耐病毒诱导剂，或于发病初期用5%菌毒清可湿性粉剂400倍液，或0.5%抗毒水剂300倍液，或20%毒克星可湿性粉剂500倍液喷雾，7～10天喷一次，连喷3～5次。
2.叶霉病
发病症状：主要危害叶片。发病初期叶背生不规则淡绿色病斑，之后病斑上生出褐色霉层，叶正面往往出现黄色病斑，严重时也产生霉斑，最后全叶枯黄卷曲。
防治方法：用2%武夷霉素水剂200倍液喷雾，50%扑海因可湿性粉剂1000倍液喷雾，7天一次，连喷2～3次。
3.晚疫病
发病症状：可侵染叶、茎和果实。叶片发病，病斑边缘产生稀疏的白色霉层，叶片逐渐枯死。成株期，多从下部叶片发病，初期呈水渍状淡绿色病斑，逐渐变褐色，空气湿度大时，叶背部病健交界处有白色霉层。
防治方法：用5%百菌清粉剂每亩1公斤喷粉，7天喷一次，或用72%克露可湿性粉剂400～600倍液，72%克抗灵可湿性粉剂800倍液，或72.2%普力克水剂800倍液喷雾。还可用45%百菌清烟剂，每亩150克，分放5～6处，傍晚点燃，7天一次，连熏3～4次。
4.灰霉病
发病症状：主要为害番茄花器及幼果，多数先侵染青果上残留的花瓣和花托以及残存的柱头，进而向果实和果柄上蔓延，引起果皮变成灰白色软腐，后期产生大量土灰色天鹅绒状的霉层。
防治方法：发病初期要及时打去老叶，以利株间通风，降低田间湿度。及时摘除病叶、病，烧毁或深埋，以减少病原菌。适当控制浇水，严防灌大水，室内加强通风管理，降低空气度。药剂防治用6.5%万霉灵粉剂每亩每次1公斤喷粉，7天一次，连喷3～4次，或用百菌清烟剂熏棚，每亩150克，分放5～6处，傍晚点燃，7天一次，连熏3～4次。用65%甲霜灵可湿性粉剂800～1500倍液或50%农利灵可湿性粉剂1000倍，或2%武夷菌素水剂100倍液喷雾，5～7天一次，连喷2～3次。
5.虫害蚜虫、白粉虱、美洲斑潜蝇等虫害优先采用黄板诱杀，也可用1.8%阿维菌素乳油3000倍液，或用10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液喷雾，7～10天一次。