棉花苗期大多为猝倒病、茎腐病、根腐病等。
猝倒病是由于小苗密度过大徒长造成的，利用通风、间苗即可有效防止。
茎腐病是由于育苗土没有消毒杀菌，由病菌浸染所致，苗期要喷施具内吸性的杀菌剂预防，一般选用多菌灵可湿性粉剂1000倍液喷施，可连喷2-3次能彻底杜绝病害的侵染。
根腐病是由于土壤中病菌侵染根系所致，也与地温有关，可浇灌多菌灵、甲基托布津等600-800倍液进行防治。每周一次，连用3次。
