随着人们食品安全意识的提高以及我国各地蔬菜市场准入制度的逐渐普及，对蔬菜生产所需的农药和肥料质量及使用的要求越来越高，因此，近几年生物菌肥逐渐在各地暂露头脚。对于很多农民来说生物菌肥还是一个新事物，如何才能正确购买和使用它，必须注意以下几点。
一、选购生物菌肥时，要注意其是否过了产品保质期，一般超过生产日期1年的生物菌肥活性会显著降低。再看有无农业部登记证，正规的厂家生产的产品都有农业部登记的证明。还要看包装袋上标明的活菌数量是否符合国家规定。不合格的生物菌肥绝不购买。
二、生物菌肥可以单独使用，但最好是与经过充分腐熟的有机肥混合使用，其效果要远好于单独施用有机肥或生物菌肥。生物菌肥不宜与化肥直接混合使用，高浓度的化学物质对生物菌肥里的微生物有毒害作用，尤其要注意不应将菌肥与含硫的化肥及草灰混合用，因为这样的肥料更容易杀死菌肥里的有益菌。
三、在对温室大棚里的土壤或蔬菜育苗用营养土消毒后，至少要经过10-15天，才可以施用生物菌肥，切记不可施用生物菌肥后再实行土壤消毒。不应同时使用菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂。一般先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。
四、生物菌肥的使用效果和土壤的情况有关。土壤太旱或太湿都不利于生物菌肥效力的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右。如果在水田使用，最好于清晨或傍晚采用喷施的方法。
五、生物菌肥对阳光中的紫外线十分敏感。存放或使用时尽量避免强光直接照射，因此生产上一般不采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚于土壤中施用。喷雾时只要在植物的叶片背面均匀喷布即可。
六、生物菌肥可以单独施用，但是不能完全代替化肥或有机肥，事实是与后两者混合使用的效果要好于它们的单独使用。
七、生物菌肥施入土壤后有一个菌群繁殖、壮大的过程。因此，要先于作物需肥期10-15天施用，此后生物菌肥可以长期、均匀、持续地供给作物养分。