由于有机肥施入土壤后不能立即被作物吸收利用，为满足作物生长需要，需在基肥中配合施入适量化肥，但不少农民施用基肥存在以下误区：
基肥大量施用硝态氮肥目前，常见的氮肥主要有3种，即铵态氮肥、酰胺态氮肥及硝态氮肥。铵态氮肥及酰胺态氮肥不能直接被作物吸收利用，需通过微生物作用，将其转化为硝态氮后才能被作物大量吸收，且极易被土壤吸附，随水流失较少，适合作基肥施用。铵态氮肥在高温下容易分解，并释放出氨气，导致养分流失，因此不宜在高温时期施用，施用时注意将铵态氮肥与有机肥混匀，并深翻入土，能提高铵态氮肥的利用率。铵态氮肥是一种速效肥，肥效释放快，一般多作追肥施用。
过量施用磷肥作物生长前期对磷肥的需求较大，且磷肥容易被土壤固定，在基肥中施用效果较好。有机肥中的有机酸能提高磷肥的溶解性，提高磷肥利用率，建议基施时可将磷肥与有机肥混匀后一起施入。
微肥施用不合理作物对微肥的需求量很少，应注意适量施用。建议按以下两种办法施用：将溶解的微肥溶液喷洒在有机肥上，与有机肥一起翻耕入土。将微肥溶解在水中，在浇水时随水冲施。