立枯病：育苗期病害。苗根部或根颈部变为红褐色，严重时大量死苗。防治：喷淋15%恶霉灵水剂450倍液、25%科惠1500倍液喷淋或12.5%烯唑醇每亩12克对水30公斤喷施。每7天1次。
叶斑病：主要为害叶片，初期叶片上出现黄绿色水渍状斑，后变圆形斑及不规则形斑。严重时叶片枯死，甚至全株倒伏。
防治：喷77%可杀得可湿粉500倍液，或45%百菌清烟剂，每亩次250克，隔9天1次，视病情决定施药次数。
斑枯病：为害叶、叶柄、茎。从老叶先发病，后传染到新叶片，初期呈淡褐色小斑点，后扩大坏死，病斑外面有一个圈呈黄色。
防治：施用45%的百菌清烟剂，每亩次250克，或75%的百菌清可湿粉600倍液，或64%杀毒矾可湿粉500倍液等。
黑腐病：主要为害根茎和叶柄基部，多发生靠近地面处，严重时根冠处腐烂，外叶脱落，但无臭味。防治：喷75%的百菌清可湿粉600倍液等。
软腐病：主要为害叶柄基部，水渍状，后变黑，发臭味。
防治：喷农用链霉素或新植霉素4000倍液或77%可杀得可湿粉剂500倍液，每隔7—10天1次，防治2—3次。采收前7天停止用药。
空心病：主要为害叶柄，纵裂，心叶变褐色。
防治：防止芹菜空心可喷洒0.5%氯化钠水溶液；防止空心和叶柄开裂，可叶面喷施0.1—0.3%硼砂水溶液，间隔10—15天喷1次，连喷2—3次。