在保护地生产中，特别是一些专业化生产基地，多年连茬种植，难于轮作倒茬，常造成土壤和棚室中的病原菌、虫卵积累，一些土传病虫害连年发生，病情越来越重。而消费者对无公害产品的追求，也对药剂防治提出了更高要求。因此，我们必须更多地依靠农业综合措施，以达到对保护地内病虫害的控制。下面将要介绍的就是一个有效的综合方法。
保护地土壤消毒主要是利用夏季的自然高温来杀灭土壤病原菌和害虫虫卵。一般利用保护地冬春茬和秋茬之间的空当来进行，应当在棚室育苗或定植前1个月操作。
1、清洁棚室在冬春茬结束后，将所有植株残体清出温室、大棚，深埋或焚烧，不要堆放在大棚附近或路旁，以免通过昆虫再次传入棚室。
2、全棚灌溉灌溉的目的是利用水分传导作用，将土壤表层的热量传到深层，以达到全耕作层升温的目的。
3、土壤深翻及药剂处理在土壤墒情适合时深翻，深度约30厘米以上，并将大土块拍打细碎。配合药剂处理，效果更好。杀菌剂可选50%多菌灵可湿性粉剂1～2公斤/亩，或50%福美双可湿性粉剂1.5公斤/亩，或40%五氯硝基苯粉剂0.6～1公斤/亩。杀虫剂可选5%辛硫磷颗粒剂1.5公斤/亩。在线虫危害的地块，还可选用涕灭威15%颗粒剂1.0～1.3公斤/亩。将药剂撒在地表，及时深翻入土。还可将有机肥一起翻入土壤。需要注意的是，不要同时将挥发性肥料如尿素、碳铵等施入。
4、地表及棚室覆膜在翻整好的地表覆盖旧地膜，棚室覆盖旧棚膜，要覆盖严密。
这样高温处理约1个月，就可大量杀灭土壤中的病原菌和虫卵，减轻下季土传病虫害的发生。在操作过程中，常会出现不进行土壤深翻，只盖棚膜不盖地膜，高温处理时间过短只有5～7天等待问题。这样很难达到土壤消毒的目的。需要在实践中注意防范。