小麦赤霉病是真菌引起的病害。小麦收获后，小麦赤霉病病菌在病残体、土壤中腐生外，还可以继续侵染玉米、高粱、水稻等作物，并在这些作物病残体上进行腐生或越冬。第二年春天，小麦开花，环境条件适合时，病菌子囊孢子从残留的花药侵入小麦穗，也可直接穿透表皮或自然孔口侵入，继而侵染小穗的花器和颖壳而导致发病。在适合条件下，病菌侵入两天后即可出现症状，继而在病穗上产生大量粉红色霉层。
