有机肥中所含的养分种类多，称为完全肥料，但其养分含量低，有机态的养分要经过土壤微生物逐步分解，才能转化成为让植物可以吸收的有效态养分。因此肥效慢，持续的时间长，供肥强度不够，尤其是在作物大生长期，不能满足作物高产对养分的需求。
化肥的养分含量高，速效性强，可以直接被作物吸收利用，肥效快，供肥强度大，对于提高作物单位产量贡献大。但其养分种类单一或较少，单独施用，不能满足作物对多种养分尤其是中、微量元素的需要。
科学施肥应考虑有机肥与化肥的配合施用，这样就可以取长补短，缓急相济，实现作物高产、稳产与农业可持续发展的目标。