过磷酸钙中的水溶性磷酸一钙在土壤中容易被固定，移动性小，即移动慢，移动的距离短，因此，合理施用过磷酸钙的原则是既要减少其与土壤的接触面积，又要尽量增加它与根系的接触机会。根据它的性质及上述施用原则，合理施用的方法如下：
(1)集中施和分层施过磷酸钙可作基肥、种肥和造肥，但无论作什么肥，都以集中施效果好。因为集中施(条施、穴施)可减少肥料与土壤的接触面，减少固定，同时增加了与根群的接触机会，施肥点浓度较大，有利于磷酸根向根表扩散，使根系容易吸收磷营养。在集中施的基础上采取分层施效果更好。即大部分磷肥作基肥深施，少部分浅施或作种肥，或水稻点秧根。这样能适应作物根系的生长及其对肥料的需要，即苗期需肥少根系浅，中期根系已长深而且需肥多。作种肥或秧根肥时要注意过磷酸钙中游离酸对种子和根系为害，一般可用相当于磷肥用量的2～3%的草木灰与其混合堆放半天后才与种子混播，如作秧根肥应把磷肥与1～2倍的腐熟有机肥或细土混合堆沤半天至一天后用水调成糊状点秧根。
(2)与有机肥混合施与有机肥混合施可减少磷的固定，因一方面减少与土壤的接触，另方面有机肥的分解产物可减少土壤中铁、铝等对磷的固定。
(3)制成颗粒肥把过磷酸钙制成粒径为3～5毫米的颗粒在固定力强的土壤上施用是比较有效的。因为它是逐步溶解出有效磷的，有效时间较长；同时又减少与土壤的接触。颗粒肥适宜机械施用，作种肥很安全。但粒径不能太大，颗粒太大会减少磷肥与根系的接触。在石灰性土上施用，不一定要制成颗粒，根据试验表明，施用粉状和颗粒状过磷酸钙，所获产量没有多大差异。
(4)在酸性土上施用，要配施石灰先施石灰翻犁耙匀后再施磷肥，不要把石灰与普钙混合，以免降低磷肥的有效性。
(5)作根外追肥将过磷酸钙作根外喷施也是一种经济有效的方法，它可以防止磷在土壤中被固定，又能被作物直接吸收。根据试验材料认为，柑桔在生理落果后喷3%的过磷酸钙浸出液不但可以增产，而且还可提高全糖量；水稻、玉米、小麦等谷类作物在中后期喷过磷酸钙溶液，可增加籽实的千粒生。喷施前先将过磷酸钙加10倍水浸泡过夜，取其清液用水稀释到所需浓度后喷施。喷施浓度各类作物不同，水稻、小麦等谷类作物可用1～3%浸出液，果树可用2%左右浓度，棉花、蔬菜(如番茄)等可用1%的浓度。
过磷酸钙的施用量主要是根据作物对磷的要求性质和计划产量，以及土壤有效磷的含量来决定，一般每亩作基肥的用量为20～30公斤，甘蔗每亩要施到40公斤，作追肥一般每亩10～20公斤，作种肥每亩4～5公斤。
过磷酸钙特别适合缺硫的土壤施用，即使在不缺硫的土壤中，对于特别需硫的作物如谷类、豆类、花生、牧草是很适合施用的。