当前，随着人们环境保护责任意识的不断增强，在关心工业污染的同时，也将目光投向农业污染。
主要的农业污染有：
化肥污染由于化肥的利用率较低，大量氮素由于暴雨或灌溉不当等原因，随着雨水或灌溉水流入江河湖泊，导致水体的富营养化问题，影响鱼类的生长，造成成批中毒死亡。
水体及一些作物的硝酸盐污染也是个不容忽视的问题。一些主要蔬菜基地的多种蔬菜都有不同程度积累的硝酸盐。
有些肥料中的杂质，特别是质量较差的磷肥中含有的较多的氟元素、重金属元素和放射性元素，对农业环境及人体也具有明显的危害作用。
农药的污染除草剂、杀虫剂和杀菌剂等农药的使用，使农药在农作物体内大量残留，给人、畜的肌体健康带来了众多问题。同时，农药也灭杀了许多对作物有益的生物，如青蛙、燕子等。我国已加入wto、农药污染问题应尽快解决，否则我们的农产品只会被拒之门外。
农用薄膜的污染我国每年有几十万吨的农膜投入到农田。由于目前使用的农膜绝大部分为不可降解塑料，在土壤中自然降解需要200年以上的时间。天长日久，农膜碎片不断累积在土壤中，土壤的结构和可耕性遭到破坏，地力下降，不仅影响农业生产，而且严重污染农业环境。
农业废弃物的污染数量庞大的农业废弃物主要包括畜禽的粪便和农作物的秸秆。由于某些养殖场布局的不合理和粪便外理能力较差，造成绝大部分的畜禽粪便在露天堆放，遇雨便会大量淋失，成为污染周围环境的源头，从而引起人畜共病，加剧了水体的富营养化。
此外，由于石油液化气的大量使用，造成了秸秆的过剩而在收获作物后将秸秆焚烧掉，既造成了资源的严重浪费，又造成大量二氧化碳的释放，加剧了气候的变暖。
农业污染的控制方法：
改进施肥方法，改浅表施氮肥为深施、适施，尽量使养分的淋失降低到最小程度。
大力推广抗病虫品种和生物农药，推行避病虫栽培，尽力减少化学农药的施用量。
推广自行降解的农膜，综合利用畜禽粪便，应用有效微生物菌群处理鸡粪，从而大幅度地减少粪便臭味、氨味，并应用先进技术制成复混肥料。
大力推广秸秆还田技术，减少资源的严重浪费。
发动污水处理厂通过种植水葫芦等水生植物吸收水中的铬、钴、镉、镍、铜等重金属。