与杂交籼稻相比，杂交粳稻的研究和发展速度较慢，困扰杂交粳稻发展的主要问题有以下几个方面：
投入不足，研究力量分散。目前杂交粳稻研究存在的主要问题是科研投人不足、研究力量分散、资源不能共享；育种家之间缺乏沟通、交流与合作；育种单位各自独立、封闭。
将优质、高产、抗逆等性状有机结合在一起的精品杂交粳稻组合少。与常规粳稻相比，目前生产中应用的大多数杂交粳稻品种综合竞争优势不强，表现为米质较常规粳稻差、产量优势不明显，从而影响了种植者的积极性。
杂交粳稻制种产量和纯度有待提高。由于目前生产上应用的杂交粳稻品种(组合)不育系大多是BT型配子体不育，一旦防杂保纯措施不力，极易发生生物学混杂和机械混杂，严重影响杂交种纯度，加上粳型稻不育系异交性能不如籼型稻不育系，制种产量低、纯度差、成本高等问题，从而造成减产和稻米品质下降。
高产、优质、高效杂交粳稻配套栽培技术体系没有建立起来。优良杂交粳稻品种的稻米米质好、增产显著，但是在生育期、栽培技术、施肥技术、大田管理、生态适应性等环节与常规品种不同。种植者并没有注意到这一点，在生产中实施和常规的水稻品种相同的栽培措施。例如，杂交粳稻一般生育期较长，熟期偏迟，有的品种生育期长达170天左右，如果过迟播种、移栽或施肥不当，如肥量偏多等，就会出现疯长，成熟期推迟，青谷秕谷增多，粒重下降，减产减收，稻米品质下降。
针对上述情况，在杂交粳稻的科研、生产、推广等方面应加强以下几个方面的工作：
借鉴杂交籼稻的发展思路，组织杂交粳稻育种单位进行科研大协作，实现育种材料和种质资源共享，针对杂交粳稻的米质差、产量优势不明显、种子纯度差等问题，集中人力、物力和财力联合攻关，力争在近期内选育出一批高产、优质、多抗的杂交粳稻新组合并应用于生产。
加强基础研究，强化技术储备。育种工作的突破在于资源的发现、创新和利用，要不断尝试进行新种质资源的收集和创新，建立优良粳稻种质资源库，利用分子生物学手段进行不同亚种及不同生态型的有利基因的创建、发掘与利用的研究。围绕杂种优势利用研究，开展优质高产抗逆等有利性状的聚合技术、亚种间杂种优势利用技术和形态改良技术的有机结合、不同生态区超高产水稻理想株型的塑造等研究工作。
在杂交粳稻育种方向上，坚持三系法和两系法并重，采取水涨船高、远中求近、近中求远的育种策略来提高杂交粳稻产量优势，采取亲本双优策略来解决米质差和产量优势不明显等问题。在研究技术上，注意常规技术和分子技术的结合，积极开展以生物技术为主要内容的新技术育种研究，提高育种效率或导入外源基因，改良亲本的某些不良性状。综合运用形态改良技术、杂种优势利用技术，培育产量、品质、抗性达标的精品杂交粳稻品种。
改进、完善、组装现有的高产制种技术。针对杂交粳稻的亲本特点，合理安排制种的基地和时间，创造高产群体，并提高异交结实率。进一步完善种子质量检测体系，特别是要积极开展以分子检测手段为主要内容的高新技术研究，最终形成一整套生产高效与检测高效的优质杂交粳稻种子产业化体系。
建立高产、优质、高效杂交粳稻配套栽培技术体系。优良的杂交粳稻品种具有高产的潜力，但是要发挥高产优质的潜力，必须根据品种的特性实施因种栽培，推广良种良法。认真抓好播种、移栽、施肥、灌水、搁田、病虫草防治等各项关键措施，建立配套的杂交粳稻高产栽培技术体系，充分发挥优良杂交粳稻品种米质好、产量高的优势。同时还要注重研究推广不同生态类型杂交粳稻“高优轻”综合栽培技术和优质杂交粳稻产量和品质形成的化控栽培技术，包括专用叶面肥制造及施用技术、抗早衰技术、化控技术及提高成穗率技术。
建立优良杂交粳稻新品种推广体系。组织科研、教学、推广、企业等单位大协作，以优良杂交粳稻品种的选育为基础，以种子产业化为突破口，以优良品种的推广为手段，由种子生产企业采用市场经济手段，组织资金，迅速扩大种子生产规模，使其严格按照现行标准和规范生产高质量种子，实行良种生产的产业化，促进科技成果转化为生产力，促进杂交粳稻的快速发展。