板蓝根根腐病危害根部。发生时须根和主根根尖先受害，呈黑褐色，至根系维管束呈褐色病变。后期整个根部腐烂，地上部植株萎蔫，最后逐渐枯死。
防治措施：①中耕追肥时多施腐熟的有机肥，增强植株抗病力，适时喷施药材根大灵可促使叶面光合作用产物向根系输送，提高营养转换率和松土能力，使根茎快速膨大，有效物质含量大大提高；②发病初期用5%石灰乳加护树将军500倍液浇灌一次病穴，并用50%退菌特600倍液喷加新高脂膜800倍液洒病区1～2次；③发现病株，及时拔除，拿出田外，集中烧毁或深埋，并在全园普喷护树将军杀菌消毒，减少病菌源。