1.认为发病的根本原因是缺钙。土壤，尤其是沙性较大的土壤，盐基含量低，酸化，供钙不足；在盐渍化土壤中，虽然土壤含钙量较多，但因土壤可溶性盐类浓度高，根系对钙的吸收受阻，也会缺钙。施用铵态氮肥或钾肥过多时也会阻碍植株对钙的吸收。在土壤干旱，空气干燥，连续高温时易出现大量脐腐病果。这种情况最好使用根施通配合钙肥一起灌根，助力根系吸收更多的钙肥及常规性肥料。
2.认为发病的主要原因是水分供应失调。干旱条件下供水不足，忽旱忽涝，使番茄根系吸水受阻，由于蒸腾量大，果实中原有的水分被叶片夺走，导致果实大量失水，果肉坏死。这种情况应均衡浇水并在幼苗期噴施新高脂膜形成一层物理高分子膜，减少水分蒸发预防病菌侵染。