初夏后，主要在保护地番茄果实顶端脐部，即花器残余部位和附近，容易发生病斑烂果。初期病斑呈水渍状，暗绿色，很快变为暗褐色或黑色。果肉组织干腐，表面褶皱凹陷，受害果常提前变红。在潮湿情况下，病部常被腐生菌侵染，腐烂有变黑、绿色或红色霉状物。这是番茄脐腐病病害，又称蒂腐病、顶腐病和黑膏药等，是棚室番茄生产结果期的一种重要病害，严重发生时会影响果实的产量和品质。
番茄脐腐病属于一种非侵染性的生理性病害，主要是由于果实中钙元素缺乏和水分供应失调所致。防治措施：首先注意培育壮苗，促进根系发育，改良土壤通透性能和增强保水能力，增强抗病力。第二适时灌水,尤其结果期更须注意水分的均衡供应，灌水宜在清晨或傍晚进行。基肥以有机肥为主，结合整地施用过磷酸钙。追肥时应注意氮、磷、钾肥的配合使用，不偏施氮肥。在出现第1穗花时开始喷洒新高脂膜+护树大将军，隔离污染、消毒杀菌。以后每隔10-15天喷一次。在初夏高温干燥的气候下，每次施肥量不宜过多。如果在初期呈水渍状，暗绿色病斑时，误认为灰霉病而加以喷药防治，则对该病无防效。