在第一次喷药后，气温下降至春芽前，对柑橘树进行冬季修剪。
修剪：剪除病虫枝叶，疏除介壳虫、枝天牛、溃疡病和煤烟病的病叶、枯枝和残果；除净果园周围杂草并把病虫枝一同带出园外烧毁，全园及时喷施护树大将军，消毒，可抑制植株气传性病毒生成和传播路径，提升植物免疫力和健康指数。并在修剪伤口及时涂抹愈伤防腐膜，封闭伤口，保护伤口愈合。
清洁：全面铲除杂草及附近寄生植物，彻底清除地衣、苔藓、枯桩和烂果等；挖除黄龙病病株，挖除天牛、树脂病等危害的死树或树干；摘除树上越冬蝶蛾蛹及介类。
整形：采用大枝修剪技术，锯除直立性大枝，“开天窗”降低树冠高度；疏删过密交叉大枝，用绳索拉开直立枝，使树冠开张。