皇帝柑容易受炭疽病害，枝条、叶片、花朵、果实都会感染炭疽病，形成黑褐色凹陷型水渍状腐烂病斑，使枝叶干枯，花果脱落，削弱树势，影响开花结果，降低坐果率。冬末春初天气多变，气温波浪式回升，并伴有雨水，湿度大，是皇帝柑炭疽病发生的高峰期，必须注意防治。
在冬末春初皇帝柑尚未萌动春芽时，叶面喷洒一次护树大将军，注意喷湿树冠内外所有的枝叶，要注意喷湿树冠内部的枝条，以消灭吸附在枝叶上越冬后开始活动的炭疽病的病菌，减轻皇帝柑炭疽病春季的发生和危害。相隔15~20天后，待皇帝柑开始萌动春芽时，必须每10~15天叶面喷洒一次针对性的药剂+新高脂膜等进行防治，提高植株抗病性，连续喷洒2~3次，直至开始开花结果，均匀喷湿树冠内外所有的枝叶和花蕾，以开始有水珠往下滴为宜。由于危害皇帝柑的炭疽病抗药性强，很容易产生抗药性，所以不要连续多次使用同一种药剂，以免产生抗药性。