芭乐根朽病的病菌可自根部侵入感染，导致根部腐朽，病菌逐渐往主干蔓延；也可自地际部主干侵入感染，而后往根、茎扩展。主干受感染后，木质部组织变成黑褐色，最后腐朽并转成近白色，罹病后期，植株的地际部会长出土黄或黄褐色子实体（菇体）。
这类病害也导致植株黄化、衰弱终而枯死，地上部病征类似褐根立枯病，但罹病根部或地际部的病征与褐根立枯病不同，被害根通常不黏附土块、石粒，有时可见其上附着菌丝，但为灰白色或土黄色。
芭乐根朽病的发生生态及防治策略与褐根立枯病相似。
