棉花棉苗红腐病在我国各棉区均有发生，长江流域、黄河流域棉区受害重，辽河流域也有发生。苗期、铃期均可染病。防治措施如下：
1、注意清洁田园，及时拔除病菌，及时清除田间的枯枝、落叶、烂铃等，集中烧毁，减少病菌的初侵染来源。
2、选种健康无病棉种，用适量50%多菌灵可湿性粉剂加新高脂膜拌种，可有效隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率。
3、适期播种，加强苗期管理，采用配方施肥技术，促进棉苗快速健壮生长，增强植株抗病力。
4、加强棉田管理，做好水肥管理，按照作物生长状况合理给肥，根据气候状况酌情浇水，大雨后注意排水，防止土壤含水量过大；在花蕾期、幼铃期和棉桃膨大期喷施棉花壮蒂灵，促使棉树生长机能向生殖机能转化，使棉桃营养输送导管变粗，提高棉桃膨大活力，加快棉树循环现蕾、吐絮，提高优质商品率；及时防治铃期病虫害，避免造成伤口，减少病菌侵染机会。
5、铃期防治。一是结合防治其它病害进行兼治。二是在病害发生期，按照植保要求喷施针对性药剂加进行防治，隔7-10天1次，连续喷2-3次。