如果疏于管理，西红柿在此期内发生病虫害，不仅会影响西红柿后期的产量，而且四处扩散的病原菌还会残留在棚内危害下一茬蔬菜。因此，西红柿后期更应采取有效措施，严防病虫害的发生。
主要应做到以下几个方面：1.在放风口处设好防虫网，以避免蚜虫、螨虫、蓟马、白粉虱等害虫潜入棚内，直接为害蔬菜或把病毒传入棚内侵染蔬菜。对于潜入棚内的害虫，可在棚内设置黄板诱杀，也可用新高脂膜600倍液配合针对性杀虫剂防治。2.提前预防。一般西红柿后期常发生的病害有叶霉病、病毒病和细菌性叶斑病，可在病害初发时，用新高脂膜加超强性药剂进行喷施防治，均可有效地控制病害的发展。