西红柿适宜分苗1―2次，以1次较为普遍。西红柿苗不宜进行多次分苗的主要起因：
一、容易伤根因为分苗次数越多，对根系的损害也就越重，容易造成根系过早老化。
二、形成老化苗分苗次数过多，根系始终得不到充分扩展，吸收能力较弱，导致幼苗生长因营养供给不足而受到抑制，当幼苗生长受抑制的时间过长，便会形成老化苗。
三、延长育苗期实践证实，西红柿每分一次苗，因为分苗前的炼苗以及栽苗后的缓苗等起因，培养出同样大小的西红柿苗，育苗时间就要相应延长5―8天，在环境条件不适宜时，延长的时间更长。
四、对西红柿苗的其余损害如分苗进程中小苗容易受到饥饿损害；在花芽分化期里进行分苗，会对花芽分化产生不良影响。